O presidente é eleito por maioria de votos dos membros das duas câmaras para um mandato de dois anos, podendo ser reeleito mais uma vez. A ele, compete:

• o recebimento da denúncia ou a rejeição desta, em caso de ausência de indícios de infração;
• a condução das sessões e audiências nas Câmaras de Investigação e Julgamento;
• a escolha do relator de investigação, entre um dos membros da Câmara de Investigação;
• a designação dos membros que participarão das sessões das Câmaras de Investigação e Julgamento;
• a escolha do relator de julgamento entre os membros da Câmara de Julgamento;
• a representação da Comissão de Ética internamente, perante os demais órgãos da CBF, e externamente, perante as demais entidades e, inclusive, junto à imprensa;
• o estabelecimento de intimações e demais atos de comunicação das partes;
• a decisão sobre questões omissas.

Nosso atual presidente é Carlos Renato de Azevedo Ferreira.